Ahhoz, hogy életképes és előremutató innovációs stratégiákat lehessen kidolgozni a regionális szintű intelligens szakosodás terén, fel kell tárni, milyen tanulságok vonhatók le az egyes szakpolitikai területeken, és lehetővé kell tenni a bevált gyakorlatok cseréjét a régiók között. De kérdés, hogy az egyes régiók számára mely más régiók szolgálhatnak referenciaként? A megfelelő hivatkozási pont megállapítása minden szakpolitikai tanulási folyamat és összehasonlító értékelés alapját képezi.
Egy-egy régió vonatkozásában azok a térségek tekinthetők „referenciarégióknak”, amelyeket az innovációalapú fejlesztés szempontjából hasonló strukturális feltételek jellemeznek. Azaz olyan feltételek, amelyek viszonylag állandók, és amelyek igazolhatóan meghatározzák az adott régió gazdasági életét és a rá jellemző innovációs tevékenységet. Ha olyan régiókat tekintünk hivatkozási alapnak, amelyek társadalmi, gazdasági, technológiai, intézményi és földrajzi szempontból hasonló tulajdonságokkal rendelkeznek, könnyebben képet kaphatunk arról, mely szakpolitikák és gyakorlatok ruházhatók át eredményesen, és nagyobb eséllyel tudjuk előrevetíteni azok hatását. A szerkezetileg hasonló régiók gazdasági, illetve innovációs teljesítménye természetesen nem azonos. Az alkalmazás által kínált összehasonlítás ezért nem teljesítményalapú, és nem hivatott rangsorolni a régiókat a teljesítményük alapján. A régiók strukturális összehasonlítása mögött sokkal inkább az a két alapérvelés áll, hogy (i) a szakpolitikai tanulási folyamat minden bizonnyal akkor és csakis akkor vezethet eredményre, ha a folyamat résztvevői közös jellemzőkkel rendelkeznek, és (ii) az egymáshoz viszonylag hasonló régiók egymás sikereiből és kudarcaiból egyaránt tanulhatnak.
A régiók összehasonlításának 42 változó szolgál alapul, amelyek a következő területeket ölelik fel: társadalmi-demográfiai jellemzők, ágazati struktúra, technológiai szakosodás, gazdasági nyitottság és külső kapcsolatok, a vállalkozások típusa és mérete, az intézmények minősége, társadalmi nézetek és vállalkozói magatartás, emberi erőforrás. Ezeknek a sokrétű változóknak az alapján kerül meghatározásra az az egyedi mutatószám, amely két régió egymástól mért távolságát jelzi – strukturális szempontból, természetesen.
Az összehasonlítandó régió és a megjelenítendő találatok számának kiválasztását követően az interaktív eszköz létrehozza a hasonló régiók listáját, melynek elemei a távolsági mutatószám szerinti sorrendben vannak feltüntetve. (Minél alacsonyabb a mutatószám, annál közelebb van az adott régió az összehasonlítás alapjául szolgáló régióhoz.)